Source : Immunity 52, May 19, 2020

Auteur : Haley E. Randolph and Luis B. Barreiro


The emergence of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and its associated disease, COVID-19, has demonstrated the devastating impact of a novel, infectious pathogen on a susceptible population. Here, we explain the basic concepts of herd immunity and discuss its implications in the context of COVID-19.


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SourceNature (2020) Auteur : Seth Flaxman, Swapnil Mishra, Axel Gandy, H. Juliette T. Unwin, Thomas A. Mellan, Helen Coupland, Charles Whittaker, Harrison Zhu, Tresnia Berah, Jeffrey W. Eaton, Mélodie Monod, Imperial College COVID-19 Response Team, Azra C. Ghani, Christl A. Donnelly, Steven M. Riley, Michaela A. C. Vollmer, Neil M. Ferguson, Lucy C. Okell & Samir Bhatt

ANALYSE

Commentateur

Dr Moitry Marie

Objectifs et Résultats

  • Étude de modélisation dont l’objectif est d’estimer les effets de 5 interventions mises en place dans 11 pays européens (distanciation physique, fermeture des écoles, interdiction des grands rassemblements, isolement des cas et confinement), notamment sur le nombre de décès évités
  • En prenant en compte la variété des politiques dans les différents pays, le nombre de décès évités s’élèverait à plus de 3 millions dans les 11 pays, dont près de 700 000 en France (données au 4 mai). Le confinement aurait eu l’effet le plus important. Environ 5% de la population française serait immunisée (proche des estimations de l’institut Pasteur).

Points forts

  • Article reviewé
  • Données sur le nombre de cas et de décès issues de la base de l’ECDC (European Center of Disease Control) ; disponibilité des données initiales et simulées ainsi que des codes sources des analyses
  • Suivi des mesures prises par les différents pays au fur et à mesure, selon les sources gouvernementales
  • Chiffres obtenus avec le modèle fidèle aux données recueillies
  • Analyses par pays, détaillées, méthodes et résultats clairs et exhaustifs.

    Points faibles

  • Article non finalisé (processus accéléré)
  • Etude de modélisation, avec de nombreuses hypothèses
  • Impossibilité de prendre en compte l’effet propre de chaque mesure et les changements spontanés de comportements en population
  • Disparités de décompte des décès entre pays, sous-estimation possible du nombre de cas (dépistages limités).

Vous pouvez télécharger l’analyse ICI.  


Source : JAMA. Published online June 3, 2020. doi:10.1001/jama.2020.10044 Auteur : Ling LiWei ZhangYu Hu; et al

ANALYSE

Commentateur

Dr REY David

Objectif

Evaluer l’efficacité et la tolérance de transfusion de plasma de personnes convalescentes (guérison depuis au moins 2 semaines, PCR négativée 2 fois, 18-55 ans, vérification sérologie COVID).

Points forts

Etude randomisée comparative.

Points faibles

Fin d’étude prématurée (fin d’épidémie), donc effectif inférieur aux 200 patients prévus. Autres traitements possibles (antiviraux, corticoïdes), sans “contrôle” entre les 2 groupes.

Conclusion

Globalement pas de bénéfice clinique de la transfusion de plasma; petit bénéfice pour les formes sévères sans engagement du pronostic vital. Négativation des PCR plus rapides après transfusion de plasma. Vous pouvez télécharger l’analyse ICI.  


Source : JAMA. Published online June 3, 2020. doi:10.1001/jama.2020.10044 Auteur : Pilar VizcarraMaría J Pérez-ElíasCarmen QueredaAna MorenoMaría J VivancosFernando Dronda,  José L Casado, on behalf of the COVID-19 ID Team.

ANALYSE

Commentateur

Dr REY David

Objectif

Décrire le taux d’infection, et les caracéristiques cliniques, des infections COVID chez les patients adultes vivant avec le VIH.

Points faibles

Possible surestimation en incluant des cas suspects donc non confirmés, mais aussi de sous-estimation compte-tenu des recommandations locales limitant les frottis diagnostiques.

Conclusion

Taux d’infection COVID de 1,8% dans cette cohorte de PVVIH (1,2% pour les cas confirmés, versus 0,9% dans la population générale de la région). Présentation clinique et radiologique comparable à la population générale. 6 formes sévères (12%) dont 2 ont des CD4 < 200/mm3, et 2 décès (4%). Pas d’effet protecteur des ARV. La prise en charge doit être la même que pour les personnes non infectées par le VIH. Vous pouvez télécharger l’analyse ICI.  


Source : Lancet HIV 2020 May 25;S2352-3018(20)30146-6. doi: 10.1016/S2352-3018(20)30146-6. Auteur : Muhammad JunejoNicolo GiromettiAlan McOwanGary WhitlockDean Street Collaborative Group

ANALYSE

Commentateur

Dr REY David

Objectif

La clinique de santé sexuelle du 56 Daen Street à Londres, délivre le Traitement Post-Exposition après risque sexuel, selon les recommandations; en 2018, celle seule clinique a délivré 1/4 des 12 000 TPE du pays !

Conclusion

Baisse de 80% de distribution du TPE dans la clinique de santé sexuelle ayant la plus grosse activité du pays. Vous pouvez télécharger l’analyse ICI.  


Source : The Journal of Infectious Diseases, 30 May 2020, jiaa305, https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa305

Auteur : M Traugott, S W Aberle, J H Aberle, H Griebler, M Karolyi, E Pawelka, E Puchhammer-Stöckl, A Zoufaly, L Weseslindtner


ABSTRACT

We comparatively assessed sensitivities and specificities of four commercial ELISAs and two rapid tests in 77 patients with PCR confirmed SARS-CoV-2 infection, grouped by intervals since symptom onset. While test sensitivities were low (<40%) within the first 5 days post disease onset, IgM-, IgAand total antibody-ELISAs increased in sensitivity to >80% between the 6th and 10th day post symptom onset. The evaluated tests (including IgG and rapid tests) provided positive results in all patients at or after the 11th day post onset of disease. Specificities of the ELISAs were 83% (IgA), 98% (IgG) and 97% (IgM and total antibodies).

BACKGROUND

SARS-Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), a new Betacoronavirus, is currently causing a massive pandemic with severe consequences for the health-care systems worldwide [1, 2]. While polymerase chain reaction (PCR) based tests quickly became the cornerstone of SARS-CoV-2 diagnosis, the potential of antibody tests has not been comprehensively evaluated. Depending on respective infection stages, antibody assays could nonetheless significantly complement PCR based testing [3, 4]. Multiple commercial enzyme-linked immunoassays and rapid tests (lateral flow immunossays) have recently become available, but their diagnostic ability has to be thoroughly evaluated and compared before they can be widely used in the clinical setting [5, 6]. Here, we compared the diagnostic ability of four ELISAs, which assess SARS-CoV-2-specific antibodies of immunoglobulin classes (Euroimmun SARS-CoV-2 IgA and IgG, Wantai SARS-CoV-2 IgM and total antibodies), and two rapid tests (Wantai SARS-CoV-2 Ab Rapid Test and 2019-nCoV IgG/IgM Rapid Test) in 77 patients with symptomatic SARS-CoV-2 infection.

 


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Source : The Lancet Auteur : Derek K Chu, Elie A Akl, Stephanie Duda, Karla Solo, Sally Yaacoub, Holger J Schünemann

ANALYSE:

Commentateur : Dr Marie Moitry.

Résumé

  • En absence d’études randomisées, cette méta-analyse apporte des preuves assez solides de l’existence d’une efficacité des mesures de distanciation physique et du port du masque dans la prévention de l’infection chez les personnes exposées à des malades. Ses limites (MA d’études observationnelles, absence de mesure de l’effet de la durée d’exposition, pas de mesure standardisée des distances…) amènent à interpréter avec prudence la taille des effets observés.
  • Il reste difficile de transposer ces résultats en population, les comportements individuels et collectifs étant susceptibles de dévier des procédures imposées dans les études observationnelles ou expérimentales.

Objectif

  • Etudier l’efficacité de la distanciation physique, port du masque et protection oculaire sur le risque de transmission du COVID-19 chez des personnes exposées à des sujets infectés.

Type d’étude et résultats

  • Revue systématique de 172 études et méta-analyse de 44 études observationnelles, dont 7 concernant le COVID, les autres concernant le SARS et le MERS.
  • L’analyse des données poolées retrouvait une diminution du risque de transmission virale lorsque la distance avec la personne infectée était >= à 1m et avec le port du masque (+ importante avec un FFP2 ou équivalent). Le risque d’infection était aussi plus faible avec le port d’une protection oculaire. La réduction du risque s’accentuait lorsque la distance dépassait 1m.

Forces 

  • Méta-analyse sur 44 études
  • Etude sur le COVID-19, mais aussi le SRAS et le MERS, donc avec davantage de données
  • Etude effectuée selon les méthodes de référence de la méta-analyse

Faiblesses

  • Méta-analyse d’études observationnelles
  • Études essentiellement dans des pays asiatiques
  • Pas de détails par étude sur les procédures de mesure des distances entre individus
  • Pas de données sur le port ou non du masque chez la personne infectée, pas de mesure de l’effet du port combiné « personne infectée » + « personne exposée »
  • Biais potentiels des études rendant l’évaluation quantitative du risque incertaine
Pas de mesure de l’effet de la durée d’exposition. Lire toute l’analyse ICI. The Lancet Voice : https://www.thelancet.com/the-lancet-voice


Source : The Lancet Auteurs : Mandeep R Mehra, Sapan S Desai, Frank Ruschitzka, Amit N Patel
Cette étude multinationale réalisée sur 96 032 patients hospitalisés atteints de covid-19 rapporte non seulement une absence de bénéfice thérapeutique de l’hydroxychloroquine ou de la chloroquine (avec ou sans macrolides) mais une augmentation de la mortalité chez les patients ayant bénéficiés du traitement (Hazards ratios entre 1,33 et 1,45 selon le schéma de traitement). Il s’agit d’une étude observationnelle rétrospective qui malgré la prise en compte de nombreux facteurs de confusion potentiels ne permet pas de se substituer à un essai clinique randomisé bien mené. Comme les auteurs l’indiquent dans la discussion, les résultats doivent être interprétés avec précaution. Malgré l’utilisation adéquate de méthode statistiques de prise en compte des facteurs de confusion potentiels, le design de l’étude ne permet pas d’exclure un biais de confusion résiduel ou le possible effet de facteurs de confusion non mesurés, ni d’établir un lien de cause à effet entre le traitement et la mortalité. Les résultats de l’étude ne sont pas applicables à une utilisation de ces traitements en ambulatoire ou hors hôpital. Les auteurs concluent que ces traitements ne devraient pas être utilisés hors d’essais cliniques randomisés, mais que ceux-ci restent nécessaires pour confirmer leurs résultats. Par ailleurs, un groupe de commentateurs a adressé une lettre ouverte à l’éditeur du Lancet (le préprint est disponible ici : https://zenodo.org/record/3862789#.XtFJ3Le-g0P). Cette lettre attire l’attention sur des points de méthodologie concernant la collecte et la qualité des données utilisées dans l’étude. Ces commentaires suggèrent une grande prudence sur les résultats obtenus.  


Source : medRxiv Auteurs : Elizabeth Williamson and al.
  “Voici une étude britannique, qui a été reprise largement dans les médias. Elle s’intéresse aux facteurs de risque de décéder (à l’hôpital) du COVID en population générale. Échantillon de plus de 17 000 000 d’adultes adhérents au NHS (Angleterre), avec un peu plus de 5000 décès intra-hospitaliers attribués au COVID-19. On y retrouve les facteurs de risque classiques, mais aussi, de façon originale, la précarité (sur la base de la zone géographique) et l’appartenance à un groupe ethnique autre que « blanc ». Une étude « big data », qui ne prend en compte que les décès intra-hospitaliers et ne donne pas d’informations sur le risque de contracter la pathologie : elle mélange « risque de contracter la maladie » et « risque de décéder une fois infecté » présenté par le Dr Marie MOITRY

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