Factors associated with prolonged viral RNA shedding in patients with COVID-19

14 avril 2020

Source : Clinical Infectious Diseases

Auteur : Xu K et al.


ANALYSE

Commentateur : Dr David REY

Objectifs :

  • Evaluer la durée de l’excétion virale chez des personnes infectées

Principaux résultats :

  • 84 patients (74,3%) ont 1 clairance virale dans les 21 jours avec une délai médian de 15 jours.
  • En date du 20/03/2020: 105 patients sont guéris et sortis d’hospitalisation (durée médiane d’hospitalisation de 18 jours avec IQR: 14-27 jours).
  • 18 patients ont 1 ventilation mécanique.
  • 2 décès.
  • Facteurs associés à la durée d’excétion virale sont (analyse multivariée): temps entre début clinique et hospitalisation (OR = 1,30), sexe masculin (OR = 3,24) et ventilation mécanique (OR = 9,88).

Points forts :

  • Prélèvements quotidiens (mais il n’est pas dit jusqu’à quand …).

Points faibles :

  • Etude rétrospective, prélèvements nasaux ou pharyngés représentent moins de 10% des frottis. Population sélectionnée.

Conclusions :

  • Confirmation d’une excrétion virale pouvant être prolongé, au-delà de 3 semaines.

Accéder à toute l’analyse ICI.

SUMMARY :

A novel coronavirus (SARS-CoV-2) first detected in Wuhan, China, has spread rapidly since December 2019, causing more than 100,000 confirmed infections and 4000 fatalities (as of 10 March 2020). The outbreak has been declared a pandemic by the WHO on Mar 11, 2020. Here, we explore how seasonal variation in transmissibility could modulate a SARS-CoV-2 pandemic. Data from routine diagnostics show a strong and consistent seasonal variation of the four endemic coronaviruses (229E, HKU1, NL63, OC43) and we parameterise our model for SARSCoV-2 using these data. The model allows for many subpopulations of different size with variable parameters. Simulations of different scenarios show that plausible parameters result in a small peak in early 2020 in temperate regions of the Northern Hemisphere and a larger peak in winter 2020/2021. Variation in transmission and migration rates can result in substantial variation in prevalence between regions. While the uncertainty in parameters is large, the scenarios we explore show that transient reductions in the incidence rate might be due to a combination of seasonal variation and infection control efforts but do not necessarily mean the epidemic is contained. Seasonal forcing on SARSCoV-2 should thus be taken into account in the further monitoring of the global transmission. The likely aggregated effect of seasonal variation, infection control measures, and transmission rate variation is a prolonged pandemic wave with lower prevalence at any given time, thereby providing a window of opportunity for better preparation of health care systems.

 


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